Theo tin từ Bộ Giáo dục, các thí sinh thi tốt nghiệp THPT và tuyển sinh Đại học, Cao đẳng năm 2009 đều đang học theo chương trình chuẩn, hoặc chương trình nâng cao ở bậc THPT với 3 Ban cơ bản, cấu trúc đề thi vì thế cũng được điều chỉnh nhằm đáp ứng đúng chuẩn chương trình cho tất cả đối tượng thí sinh.
Theo cấu trúc mới, đề thi tốt nghiệp THPT năm 2009 bao gồm 2 phần: Phần chung và phần riêng. Trong đó, phần chung dành cho tất cả thí sinh, ra theo nội dung kiến thức giống nhau giữa chương trình chuẩn và chương trình nâng cao. Phần riêng dành cho các thí sinh học theo từng chương trình. Thí sinh học chương trình nào thì chỉ được làm phần dành riêng cho chương trình đó. Thí sinh tự do được chọn một phần riêng thích hợp để làm bài. Riêng các môn Ngoại ngữ, đề thi chỉ có phần chung dành cho tất cả thí sinh.
Ông Trần Văn Kiên, Phó Cục trưởng Cục Khảo thí và kiểm định chất lượng GD (Bộ GD-ĐT) cho biết: "Đối với đề thi Đại học, Cao đẳng, thí sinh dự thi có thể chọn 1 phần riêng thích hợp cho mình, không nhất thiết phải ứng với chương trình học. Tuy nhiên, thí sinh lưu ý, ở cả 2 kì thi, chỉ được chọn một phần riêng thích hợp để làm. Nếu làm cả hai phần riêng, thì phần này sẽ không được chấm điểm".
Năm 2009, các môn Vật lí, Hoá học, Sinh học, Ngoại ngữ tiếp tục thi theo hình thức trắc nghiệm như năm 2008. Môn thi của kỳ thi tốt nghiệp THPT năm 2009 sẽ được thông báo cụ thể vào cuối tháng 3/2009.